ที่มา https://biologi.ugm.ac.id/category/rilis-berita/

กรุงเทพฯ, 19-20 พฤศจิกายน 2024 – เพื่อพัฒนาศักยภาพการวิจัยด้านเภสัชพันธุศาสตร์ (Pharmacogenomics หรือ PGx) ของคณะชีววิทยา มหาวิทยาลัยกาจาห์ มาดา (UGM) การฝึกอบรมเรื่อง "HLA Typing for Pharmacogenomics using Nanopore Sequencing Technology" ได้จัดขึ้นที่ ศูนย์วิจัยการแพทย์ศิริราช (SiMR) คณะแพทยศาสตร์ ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล

ตลอดระยะเวลา 2 วัน ตัวแทน 3 คนจาก Integrated Genome Factory (IGF) ของคณะชีววิทยา ได้แก่

ดร. วิโก อารีฟ วิโบโว
อาร์. อดิตยา อารยันดี เอส., M.Sc.
อดิษา ฟาธิริสาริ ปูตรี

ได้ศึกษาเชิงลึกเกี่ยวกับการประยุกต์ใช้เทคโนโลยี PGx ผ่าน แพลตฟอร์ม Oxford Nanopore Technologies (ONT) ซึ่งเปิดโอกาสใหม่ ๆ ในการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในด้านคลินิกที่อ้างอิงการวิเคราะห์จีโนม

การฝึกอบรมนี้จัดขึ้นเพื่อสนับสนุนการพัฒนาความร่วมมือด้านการวิจัยร่วมกับโรงพยาบาลต่าง ๆ โดย อดิตยา อารยันดี ในฐานะ CEO ของ IGF กล่าวถึงความสำคัญว่า “ตามแผนการหารือที่ริเริ่มโดยคณะชีววิทยาร่วมกับโรงพยาบาลในเครือ UGM เราพยายามตอบสนองต่อความต้องการในการพัฒนาเทคโนโลยีและการวิจัยด้านบริการคลินิก โดยเฉพาะในเรื่องเภสัชพันธุศาสตร์” นอกจากนี้ อดิตยายังเน้นว่า IGF พร้อมเปิดรับความร่วมมือและจะทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางในการช่วยเตรียมความพร้อมและวิเคราะห์ข้อมูล ขณะที่บริการคลินิกสำหรับผู้ป่วยจะดูแลโดยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญในโรงพยาบาล

การฝึกอบรมครั้งนี้ไม่ได้มีเพียงทีม IGF แต่ยังได้รับการสนับสนุนจาก YSDS (Yayasan Satriabudi Darma Setia) และมีนักวิจัยจาก มหาวิทยาลัยบราวิชาญา มหาวิทยาลัยวอร์มาดิวา และมหาวิทยาลัยตันจุงปูรา รวมถึงตัวแทนผู้เชี่ยวชาญจาก National Institute of Health, ประเทศไทย เข้าร่วมด้วย

กิจกรรมนี้นำโดย ดร.ธิดาทิพย์ วงศ์สุรวัฒน์ (Tip) หัวหน้าฝ่าย Medical Bioinformatics ของ SiMR ผู้พัฒนาโปรโตไทป์หลายโครงการในงานวิจัยเภสัชพันธุศาสตร์โดยใช้ เทคโนโลยี Nanopore ซึ่งส่งผลสำคัญต่อภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้

ในงานวิจัยด้านเภสัชพันธุศาสตร์ (Pharmacogenomics - PGx) Human Leukocyte Antigen (HLA) มีบทบาทสำคัญในฐานะตัวบ่งชี้ที่เกี่ยวข้องกับการตอบสนองต่าง ๆ ของร่างกายมนุษย์ โดยเฉพาะปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์จากยา (Adverse Drug Reaction - ADR) จึงมีความสำคัญอย่างยิ่งที่จะต้องสามารถคัดกรอง HLA เพื่อหลีกเลี่ยงความผิดพลาดในการใช้ยา ปัจจัยนี้สอดคล้องกับปรากฏการณ์การมีอัลลีลที่ไวต่อยาในประชากรเฉพาะกลุ่มของประเทศไทยและอินโดนีเซียที่พบในระดับค่อนข้างสูง

วันแรก ของการอบรมเริ่มต้นด้วยการแนะนำแนวคิดของเภสัชพันธุศาสตร์ (PGx) และวิธีการทำ HLA Typing โดยใช้เทคโนโลยี Nanopore Sequencing ผู้เข้าร่วมได้ฝึกปฏิบัติการเตรียมตัวอย่างจนถึงขั้นตอนการหาลำดับเบส (Sequencing) ในช่วงท้ายของวัน ผู้เข้าร่วมได้เตรียมอุปกรณ์ที่ใช้สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลทางชีวสารสนเทศ โดยเริ่มต้นจากการเรียนรู้การใช้งาน Linux และ Docker

ใน วันที่สอง มีการเน้นด้านการประยุกต์ใช้ในทางปฏิบัติ โดยใช้ผลลัพธ์จากการหาลำดับเบสในวันแรกเพื่อนำไปวิเคราะห์ HLA Typing โดยเริ่มจากการแนะนำซอฟต์แวร์ B-STAR (B)* พร้อมกับการวิเคราะห์แบบแมนนวลในขั้นตอนต่าง ๆ เช่น การตั้งค่าการตรวจจับความแปรผันของลำดับพันธุกรรม (Variant Calling) ด้วย EPI2ME และการใช้เทคนิคชีวสารสนเทศอื่น ๆ เพื่อกำหนดจีโนไทป์ของตัวอย่าง การอบรมจบลงด้วยเซสชันการตีความข้อมูล (Data Interpretation) ซึ่งผู้เข้าร่วมได้รับข้อมูลเชิงลึกจากตัวแทนของ NIH ประเทศไทย ที่ช่วยเปิดมุมมองเกี่ยวกับการใช้ข้อมูลจีโนมเพื่อสนับสนุนการตัดสินใจในด้านคลินิก

การอบรมนี้ไม่ได้มุ่งเน้นเพียงการฝึกฝนและการอัปเดตความรู้ด้าน HLA Typing เท่านั้น แต่ยังเป็นเวทีสำหรับการเปิดโอกาสความร่วมมือและการเฝ้าระวังระดับนานาชาติ ซึ่งสอดคล้องกับเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน (Sustainable Development Goals - SDGs) ข้อ 3: สุขภาพและความเป็นอยู่ที่ดี และข้อ 9: อุตสาหกรรม นวัตกรรม และโครงสร้างพื้นฐาน ดร.ธิดาทิพย์ วงศ์สุรวัฒน์ หรือที่รู้จักกันในนาม "ดร.ทิพย์" กล่าวถึงความสำคัญว่า “การอบรมครั้งนี้เป็นโอกาสที่ดีในการแบ่งปันความรู้และการสนับสนุนระหว่างเพื่อนร่วมวิชาชีพ ด้วยผู้เข้าร่วมจากอินโดนีเซียและผู้เชี่ยวชาญจาก DMSC และ NIH ประเทศไทย เราหวังว่าเทคโนโลยี Nanopore จะได้รับการประยุกต์ใช้อย่างแพร่หลายในทั้งสองประเทศ นี่เป็นประสบการณ์ที่ทั้งร่วมมือและน่าประทับใจ”

ผลลัพธ์จากการอบรมครั้งนี้มีมากกว่าแค่ความเข้าใจในเทคโนโลยี แต่ยังรวมถึงการสร้างเครือข่ายความร่วมมือที่เป็นพื้นฐานสำคัญในการผลักดันการวิจัยข้ามประเทศ โดยเฉพาะการเร่งนำเภสัชพันธุศาสตร์ไปประยุกต์ใช้ในอินโดนีเซีย ความกระตือรือร้นที่แสดงให้เห็นตลอดกิจกรรมนี้ช่วยสร้างแรงบันดาลใจให้ผู้เข้าร่วมมีความมุ่งมั่นที่จะนำเทคโนโลยี Nanopore ไปใช้เพื่อเสริมความแข็งแกร่งให้กับงานวิจัยในระยะยาวต่อไปในอนาคต" (ดร.วิโก อาริฟ วิโบโว, S.Si.)

https://biologi.ugm.ac.id/2024/11/25/pengembangan-teknologi-farmakogenomik-delegasi-integrated-genome-factory-igf-fakultas-biologi-ugm-ikuti-training-hla-typing-using-ont/