ถอดรหัสเชื้อโควิด-19 สายพันธุ์ ‘Omicron’ รู้ผลอย่างรวดเร็วด้วย Supercomputer

เมื่อเชื้อไวรัสโควิด-19 เกิดการกลายพันธุ์เป็นสายพันธุ์ใหม่ สร้างความกังวลใจว่าจะเข้าไทยเมื่อไหร่ จะมีผู้ติดเชื้อสายพันธุ์นี้เพิ่มขึ้นอีกหรือไม่ การมี Supercomputer ประสิทธิภาพสูงช่วยให้อุ่นใจได้ว่า เรามีเครื่องมือที่ช่วยวิเคราะห์สายพันธุ์ไวรัสที่กำลังแพร่อยู่ในประเทศไทยได้อย่างรวดเร็ว

ในประเทศไทยได้ยืนยันการพบเชื้อโควิด-19 สายพันธุ์โอไมครอนรายแรก โดยทีมวิจัยจากกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ ร่วมกับศูนย์ความร่วมมือไทย-สหรัฐ ด้านสาธารณสุข (Thailand MoPH-U.S.CDC Collaboration) และหน่วยชีวสารสนเทศ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล ได้ทำการถอดรหัสพันธุกรรมของไวรัสด้วยวิธี Nanopore Sequencing เพื่อให้ได้ข้อมูลลำดับรหัสพันธุกรรมของไวรัส และนำข้อมูลที่ได้มาวิเคราะห์แบบ real-time บน Supercomputer ของ ThaiSC เพื่อเทียบลำดับรหัสพันธุกรรมกับฐานข้อมูลของเชื้อไวรัสโควิด-19 ที่พบในประเทศต่าง ๆ ทั่วโลก ด้วยประสิทธิภาพการประมวลผลของเครื่อง GPU บน Supercomputer ทำให้การวิเคราะห์รหัสพันธุกรรมของไวรัสดังกล่าวที่มีประมาณ 3 หมื่นรหัสพันธุกรรมภายในเวลา 12 ชั่วโมง

นอกจากนี้ ตั้งแต่การแพร่ระบาดของเชื้อไวรัสโควิด-19 ในปี 2563 จนถึงปัจจุบัน ทาง ThaiSC ได้สนับสนุนทรัพยากรการคำนวณเพื่องานวิจัยด้านการถอดรหัสพันธุกรรมของเชื้อโควิด-19 ให้กับกลุ่มพันธมิตร COVID-19 Network Investigations (CONI) เพื่อใช้ในการประมวลผลหาแหล่งที่มาของเชื้อรวมถึงการติดตามการกลายพันธุ์ของไวรัส ผลของความร่วมมือนี้ช่วยให้ทีมวิจัยของ CONI สามารถเผยแพร่ผลที่ได้นี้บนฐานข้อมูลกลางระดับนานาชาติ https://gisaid.org เป็นประเทศ แรกๆ ของทวีปเอเชีย

ThaiSC มีความยินดีที่ได้ให้บริการระบบ Supercomputer เพื่อสนับสนุนการทำงานของหน่วยงานการแพทย์ในสถานการณ์การแพร่ระบาดของไวรัส COVID-19 และยังคงมุ่งมั่นที่จะพัฒนาการให้บริการระบบ Supercomputer เพื่อเป็นโครงสร้างพื้นฐานให้กับงานวิจัยและพัฒนาของประเทศในด้านอื่นๆต่อไป

#GenomicsTracking #GenomicSurveillance #COVID-19 #nanopore #SiLoL

#ThaiSC #HPC #HighPerformanceComputing #Supercomputer #NSTDA #SupercomputerCenter #thaisupercomputer #ศูนย์ทรัพยากรคอมพิวเตอร์เพื่อการคำนวณขั้นสูง